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Cerium in PDB 6qsh: Crystal Structure of the Hybrid Bioinorganic Complex of PIZZA6S Linked By the 1:2 Ce-Substituted Keggin

Protein crystallography data

The structure of Crystal Structure of the Hybrid Bioinorganic Complex of PIZZA6S Linked By the 1:2 Ce-Substituted Keggin, PDB code: 6qsh was solved by H.Noguchi, L.Vandebroek, K.Kamata, J.R.H.Tame, L.Van Meervelt, T.N.Parac-Vogt, A.R.D.Voet, with X-Ray Crystallography technique. A brief refinement statistics is given in the table below:

Resolution Low / High (Å) 42.37 / 2.50
Space group P 2 21 21
Cell size a, b, c (Å), α, β, γ (°) 53.367, 67.258, 69.680, 90.00, 90.00, 90.00
R / Rfree (%) 25.8 / 32.3

Other elements in 6qsh:

The structure of Crystal Structure of the Hybrid Bioinorganic Complex of PIZZA6S Linked By the 1:2 Ce-Substituted Keggin also contains other interesting chemical elements:

Tungsten (W) 88 atoms

Cerium Binding Sites:

The binding sites of Cerium atom in the Crystal Structure of the Hybrid Bioinorganic Complex of PIZZA6S Linked By the 1:2 Ce-Substituted Keggin (pdb code 6qsh). This binding sites where shown within 5.0 Angstroms radius around Cerium atom.
In total 4 binding sites of Cerium where determined in the Crystal Structure of the Hybrid Bioinorganic Complex of PIZZA6S Linked By the 1:2 Ce-Substituted Keggin, PDB code: 6qsh:
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Cerium binding site 1 out of 4 in 6qsh

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Cerium binding site 1 out of 4 in the Crystal Structure of the Hybrid Bioinorganic Complex of PIZZA6S Linked By the 1:2 Ce-Substituted Keggin


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A full contact list of Cerium with other atoms in the Ce binding site number 1 of Crystal Structure of the Hybrid Bioinorganic Complex of PIZZA6S Linked By the 1:2 Ce-Substituted Keggin within 5.0Å range:
probe atom residue distance (Å) B Occ
A:Ce401

b:30.6
occ:1.00
CE1 A:JGH401 0.0 30.6 1.0
O35 A:JGH401 2.4 12.3 1.0
O35E A:JGH401 2.4 31.1 1.0
O37 A:JGH401 2.5 18.4 1.0
O37E A:JGH401 2.5 51.7 1.0
O36 A:JGH401 2.5 33.2 1.0
O36E A:JGH401 2.5 79.0 1.0
O38E A:JGH401 2.5 38.7 1.0
O38 A:JGH401 2.5 45.1 1.0
O27 A:JGH401 3.5 25.8 1.0
O27E A:JGH401 3.5 50.8 1.0
W13E A:JGH401 4.0 48.7 1.0
W13 A:JGH401 4.0 45.2 1.0
W19 A:JGH401 4.0 39.2 1.0
W19E A:JGH401 4.0 44.9 1.0
O A:HOH510 4.1 13.8 1.0
W15 A:JGH401 4.1 33.1 1.0
W15E A:JGH401 4.1 52.9 1.0
W20 A:JGH401 4.2 37.9 1.0
W20E A:JGH401 4.2 50.5 1.0
O50 A:JGH401 4.3 99.1 1.0
O50E A:JGH401 4.3 75.5 1.0
O72E A:JGH401 4.3 0.3 1.0
O72 A:JGH401 4.3 62.0 1.0
O43E A:JGH401 4.6 16.2 1.0
P2 A:JGH401 4.6 20.0 1.0
O43 A:JGH401 4.6 45.4 1.0
P2E A:JGH401 4.6 0.7 1.0
O68 A:JGH401 4.6 16.3 1.0
O68E A:JGH401 4.6 55.8 1.0
O30 A:JGH401 4.8 12.3 1.0
O30E A:JGH401 4.8 64.8 1.0
O29E A:JGH401 4.8 96.8 1.0
O29 A:JGH401 4.8 56.8 1.0
O15 A:JGH401 4.9 56.9 1.0
O15E A:JGH401 4.9 32.2 1.0
O20 A:JGH401 4.9 5.2 1.0
O20E A:JGH401 4.9 45.6 1.0
O76 A:JGH401 5.0 9.6 1.0

Cerium binding site 2 out of 4 in 6qsh

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Cerium binding site 2 out of 4 in the Crystal Structure of the Hybrid Bioinorganic Complex of PIZZA6S Linked By the 1:2 Ce-Substituted Keggin


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A full contact list of Cerium with other atoms in the Ce binding site number 2 of Crystal Structure of the Hybrid Bioinorganic Complex of PIZZA6S Linked By the 1:2 Ce-Substituted Keggin within 5.0Å range:
probe atom residue distance (Å) B Occ
A:Ce402

b:12.4
occ:0.23
CE1 A:JGH402 0.0 12.4 0.2
CE1 A:JGH402 0.3 12.4 0.1
CE1 A:JGH402 0.4 12.5 0.1
O35E A:JGH402 2.1 12.5 0.1
O36E A:JGH402 2.2 12.5 0.1
O35E A:JGH402 2.2 12.4 0.1
O38E A:JGH402 2.3 12.4 0.1
O35 A:JGH402 2.4 12.4 0.1
O35E A:JGH402 2.4 12.4 0.2
O35 A:JGH402 2.4 12.4 0.2
O37 A:JGH402 2.4 12.4 0.2
O36 A:JGH402 2.4 12.4 0.1
O37E A:JGH402 2.5 12.4 0.2
O35 A:JGH402 2.5 12.5 0.1
O36 A:JGH402 2.5 12.4 0.2
O36E A:JGH402 2.5 12.4 0.2
O38 A:JGH402 2.5 12.4 0.2
O38E A:JGH402 2.5 12.4 0.2
O37E A:JGH402 2.5 12.5 0.1
O36E A:JGH402 2.5 12.4 0.1
O38E A:JGH402 2.6 12.5 0.1
O37E A:JGH402 2.6 12.4 0.1
O38 A:JGH402 2.6 12.5 0.1
O37 A:JGH402 2.7 12.4 0.1
O38 A:JGH402 2.7 12.4 0.1
O36 A:JGH402 2.8 12.5 0.1
O37 A:JGH402 2.8 12.5 0.1
O27E A:JGH402 3.2 12.5 0.1
O27 A:JGH402 3.3 12.4 0.2
O27E A:JGH402 3.4 12.4 0.2
O27E A:JGH402 3.4 12.4 0.1
O27 A:JGH402 3.7 12.4 0.1
W15E A:JGH402 3.8 12.5 0.1
W20E A:JGH402 3.8 12.5 0.1
O27 A:JGH402 3.8 12.5 0.1
W19 A:JGH402 3.9 12.4 0.2
W13E A:JGH402 3.9 12.4 0.1
W13 A:JGH402 3.9 12.4 0.2
O72E A:JGH402 3.9 12.5 0.1
W13E A:JGH402 3.9 12.5 0.1
W19E A:JGH402 3.9 12.5 0.1
W13E A:JGH402 3.9 12.4 0.2
W15E A:JGH402 3.9 12.4 0.1
W19E A:JGH402 4.0 12.4 0.2
W15 A:JGH402 4.1 12.4 0.1
W19E A:JGH402 4.1 12.4 0.1
W20 A:JGH402 4.1 12.4 0.1
W15E A:JGH402 4.1 12.4 0.2
W20 A:JGH402 4.1 12.4 0.2
W20E A:JGH402 4.1 12.4 0.2
W15 A:JGH402 4.1 12.4 0.2
O50 A:JGH402 4.1 12.4 0.2
W20E A:JGH402 4.1 12.4 0.1
P2E A:JGH402 4.2 12.5 0.1
W13 A:JGH402 4.2 12.5 0.1
W15 A:JGH402 4.2 12.5 0.1
O72E A:JGH402 4.2 12.4 0.1
W13 A:JGH402 4.2 12.4 0.1
O50E A:JGH402 4.2 12.4 0.2
O72 A:JGH402 4.2 12.4 0.1
O50E A:JGH402 4.3 12.5 0.1
O72E A:JGH402 4.3 12.4 0.2
O50E A:JGH402 4.3 12.4 0.1
W19 A:JGH402 4.3 12.4 0.1
O72 A:JGH402 4.3 12.4 0.2
O43E A:JGH402 4.3 12.4 0.1
P2 A:JGH402 4.3 12.4 0.2
O43E A:JGH402 4.3 12.5 0.1
O30E A:JGH402 4.3 12.5 0.1
W19 A:JGH402 4.4 12.5 0.1
O68E A:JGH402 4.4 12.5 0.1
O68 A:JGH402 4.4 12.4 0.2
O29E A:JGH402 4.4 12.5 0.1
P2E A:JGH402 4.4 12.4 0.2
O43E A:JGH402 4.4 12.4 0.2
O43 A:JGH402 4.4 12.4 0.2
W20 A:JGH402 4.4 12.5 0.1
P2E A:JGH402 4.4 12.4 0.1
O72 A:JGH402 4.5 12.5 0.1
O68E A:JGH402 4.5 12.4 0.2
O50 A:JGH402 4.6 12.5 0.1
O30 A:JGH402 4.6 12.4 0.2
O50 A:JGH402 4.6 12.4 0.1
O15E A:JGH402 4.6 12.5 0.1
O20E A:JGH402 4.6 12.5 0.1
O43 A:JGH402 4.6 12.5 0.1
O29E A:JGH402 4.6 12.4 0.1
O29 A:JGH402 4.6 12.4 0.2
O30E A:JGH402 4.7 12.4 0.2
O68E A:JGH402 4.7 12.4 0.1
O76E A:JGH402 4.7 12.5 0.1
O29E A:JGH402 4.7 12.4 0.2
O43 A:JGH402 4.7 12.4 0.1
P2 A:JGH402 4.7 12.4 0.1
O54E A:JGH402 4.7 12.5 0.1
O30E A:JGH402 4.7 12.4 0.1
O15E A:JGH402 4.7 12.4 0.1
O15 A:JGH402 4.8 12.4 0.1
O54E A:JGH402 4.8 12.4 0.1
O20 A:JGH402 4.8 12.4 0.1
O68 A:JGH402 4.8 12.4 0.1
O15 A:JGH402 4.8 12.5 0.1
O76 A:JGH402 4.8 12.4 0.2
O30 A:JGH402 4.9 12.4 0.1
P2 A:JGH402 4.9 12.5 0.1
O29 A:JGH402 4.9 12.4 0.1
O76E A:JGH402 4.9 12.4 0.2
O15E A:JGH402 4.9 12.4 0.2
O54E A:JGH402 4.9 12.4 0.2
O20E A:JGH402 4.9 12.4 0.1
O20E A:JGH402 4.9 12.4 0.2
O54 A:JGH402 5.0 12.4 0.2
O15 A:JGH402 5.0 12.4 0.2
O54 A:JGH402 5.0 12.4 0.1
O20 A:JGH402 5.0 12.4 0.2
O76 A:JGH402 5.0 12.4 0.1

Cerium binding site 3 out of 4 in 6qsh

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Cerium binding site 3 out of 4 in the Crystal Structure of the Hybrid Bioinorganic Complex of PIZZA6S Linked By the 1:2 Ce-Substituted Keggin


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A full contact list of Cerium with other atoms in the Ce binding site number 3 of Crystal Structure of the Hybrid Bioinorganic Complex of PIZZA6S Linked By the 1:2 Ce-Substituted Keggin within 5.0Å range:
probe atom residue distance (Å) B Occ
A:Ce402

b:12.5
occ:0.14
CE1 A:JGH402 0.0 12.5 0.1
CE1 A:JGH402 0.4 12.4 0.2
CE1 A:JGH402 0.5 12.4 0.1
O35 A:JGH402 2.0 12.4 0.2
O36 A:JGH402 2.0 12.4 0.1
O35 A:JGH402 2.2 12.4 0.1
O36 A:JGH402 2.2 12.4 0.2
O35E A:JGH402 2.3 12.4 0.1
O38E A:JGH402 2.4 12.4 0.1
O35E A:JGH402 2.4 12.4 0.2
O35E A:JGH402 2.4 12.5 0.1
O35 A:JGH402 2.4 12.5 0.1
O37 A:JGH402 2.4 12.5 0.1
O37E A:JGH402 2.5 12.5 0.1
O36 A:JGH402 2.5 12.5 0.1
O36E A:JGH402 2.5 12.5 0.1
O38E A:JGH402 2.5 12.5 0.1
O38 A:JGH402 2.5 12.5 0.1
O38 A:JGH402 2.6 12.4 0.2
O37 A:JGH402 2.6 12.4 0.1
O38E A:JGH402 2.6 12.4 0.2
O37 A:JGH402 2.7 12.4 0.2
O36E A:JGH402 2.7 12.4 0.2
O38 A:JGH402 2.7 12.4 0.1
O37E A:JGH402 2.8 12.4 0.1
O37E A:JGH402 2.9 12.4 0.2
O36E A:JGH402 2.9 12.4 0.1
O27 A:JGH402 3.1 12.4 0.2
O27 A:JGH402 3.4 12.4 0.1
O27E A:JGH402 3.4 12.5 0.1
O27 A:JGH402 3.5 12.5 0.1
W20 A:JGH402 3.7 12.4 0.1
W15 A:JGH402 3.7 12.4 0.2
O27E A:JGH402 3.7 12.4 0.2
O27E A:JGH402 3.7 12.4 0.1
W20 A:JGH402 3.8 12.4 0.2
W15 A:JGH402 3.8 12.4 0.1
W13 A:JGH402 3.8 12.4 0.2
O72 A:JGH402 3.9 12.4 0.1
O72 A:JGH402 3.9 12.4 0.2
W19 A:JGH402 3.9 12.4 0.2
W13E A:JGH402 4.0 12.5 0.1
W13 A:JGH402 4.0 12.5 0.1
W19 A:JGH402 4.0 12.5 0.1
W19E A:JGH402 4.0 12.5 0.1
W13E A:JGH402 4.0 12.4 0.1
P2 A:JGH402 4.0 12.4 0.2
W19 A:JGH402 4.1 12.4 0.1
W15E A:JGH402 4.1 12.4 0.2
W15E A:JGH402 4.1 12.4 0.1
W15E A:JGH402 4.1 12.5 0.1
W15 A:JGH402 4.1 12.5 0.1
W13 A:JGH402 4.1 12.4 0.1
W20E A:JGH402 4.1 12.5 0.1
W20 A:JGH402 4.2 12.5 0.1
W13E A:JGH402 4.2 12.4 0.2
O50 A:JGH402 4.2 12.4 0.2
O43 A:JGH402 4.2 12.4 0.2
O30 A:JGH402 4.3 12.4 0.2
O50E A:JGH402 4.3 12.5 0.1
O50 A:JGH402 4.3 12.5 0.1
O29 A:JGH402 4.3 12.4 0.2
W20E A:JGH402 4.3 12.4 0.2
O72E A:JGH402 4.3 12.5 0.1
P2 A:JGH402 4.3 12.4 0.1
O72 A:JGH402 4.3 12.5 0.1
O68 A:JGH402 4.3 12.4 0.2
O72E A:JGH402 4.3 12.4 0.2
W19E A:JGH402 4.4 12.4 0.1
W19E A:JGH402 4.4 12.4 0.2
O30 A:JGH402 4.4 12.4 0.1
O20 A:JGH402 4.4 12.4 0.1
O43E A:JGH402 4.4 12.4 0.1
O50 A:JGH402 4.5 12.4 0.1
O50E A:JGH402 4.5 12.4 0.1
O68 A:JGH402 4.5 12.4 0.1
O43E A:JGH402 4.5 12.5 0.1
P2E A:JGH402 4.5 12.5 0.1
W20E A:JGH402 4.5 12.4 0.1
O43 A:JGH402 4.5 12.5 0.1
P2 A:JGH402 4.5 12.5 0.1
O72E A:JGH402 4.5 12.4 0.1
O29 A:JGH402 4.5 12.4 0.1
O43 A:JGH402 4.6 12.4 0.1
O43E A:JGH402 4.6 12.4 0.2
O68 A:JGH402 4.6 12.5 0.1
O68E A:JGH402 4.6 12.5 0.1
O15 A:JGH402 4.6 12.4 0.2
O15 A:JGH402 4.6 12.4 0.1
O50E A:JGH402 4.6 12.4 0.2
O76 A:JGH402 4.6 12.4 0.1
O54 A:JGH402 4.6 12.4 0.2
O76 A:JGH402 4.7 12.4 0.2
O20 A:JGH402 4.7 12.4 0.2
O30E A:JGH402 4.7 12.5 0.1
O30 A:JGH402 4.7 12.5 0.1
P2E A:JGH402 4.7 12.4 0.2
O15E A:JGH402 4.8 12.4 0.2
O29E A:JGH402 4.8 12.5 0.1
O29 A:JGH402 4.8 12.5 0.1
O15E A:JGH402 4.8 12.4 0.1
P2E A:JGH402 4.8 12.4 0.1
O54 A:JGH402 4.8 12.4 0.1
O54E A:JGH402 4.9 12.4 0.1
O29E A:JGH402 4.9 12.4 0.2
O15E A:JGH402 4.9 12.5 0.1
O15 A:JGH402 4.9 12.5 0.1
O54E A:JGH402 4.9 12.4 0.2
O20E A:JGH402 4.9 12.5 0.1
O20 A:JGH402 4.9 12.5 0.1
O29E A:JGH402 4.9 12.4 0.1
O68E A:JGH402 5.0 12.4 0.2
O76 A:JGH402 5.0 12.5 0.1
O30E A:JGH402 5.0 12.4 0.2
O54E A:JGH402 5.0 12.5 0.1
O76E A:JGH402 5.0 12.5 0.1
O54 A:JGH402 5.0 12.5 0.1

Cerium binding site 4 out of 4 in 6qsh

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Cerium binding site 4 out of 4 in the Crystal Structure of the Hybrid Bioinorganic Complex of PIZZA6S Linked By the 1:2 Ce-Substituted Keggin


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A full contact list of Cerium with other atoms in the Ce binding site number 4 of Crystal Structure of the Hybrid Bioinorganic Complex of PIZZA6S Linked By the 1:2 Ce-Substituted Keggin within 5.0Å range:
probe atom residue distance (Å) B Occ
A:Ce402

b:12.4
occ:0.13
CE1 A:JGH402 0.0 12.4 0.1
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O76 A:JGH402 5.0 12.4 0.1
O13 A:JGH402 5.0 12.5 0.1

Reference:

H.Noguchi, L.Vandebroek, K.Kamata, J.R.H.Tame, L.Van Meervelt, T.N.Parac-Vogt, A.R.D.Voet. Crystal Structure of the Hybrid Bioinorganic Complex of PIZZA6S Linked By the 1:2 Ce-Substituted Keggin To Be Published.
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